Para el mejor desempeño de sus funciones científicas, la SECS se ha estructurado en Secciones siguiendo el modelo aprobado por la International Union of Soil Sciences (IUSS), siendo operativas las consignadas a continuación a las que se han adscrito al menos quince socios. En la Asamblea General celebrada el 20 de febrero de 2009 fueron elegidos los siguientes cargos:
Geografía de Suelos
Presidente: Dr. Jaume Boixadera Llobet.
Secretaria: Dra. Asunción Usón Murillo.
Génesis de Suelos
Presidente: Dr. Carlos Dorronsoro Fernández.
Secretaria:Dra. Inés García Fernández.
Clasificación de Suelos
Presidente: Dr. Roque Ortiz Silla.
Secretario: Dr. Antonio Sánchez Navarro.
Física del Suelo
Presidente: Dr. Félix Moreno Lucas.
Secretario: Dr. Fernando Garrido Colmenero.
Química del Suelo
Presidente: Dr. José Manuel Hernández Moreno.
Secretaria: Dra. Ana Mª Alvárez González.
Mineralogía del Suelo
Presidenta: Dra. M. Teresa García González.
Secretaria: Dra. Celia Maqueda Porras.
Biología del Suelo
Presidente: Dr. Carlos García Izquierdo.
Secretaria: Dra. Mª Teresa Hernández Fernández.
Evaluación y planificación del uso del Suelo
Presidente: Dr. Raimundo Jiménez Ballesta.
Secretario: Dr. Francisco J. García Navarro.
Fertilidad y nutrición de plantas
Presidente: Dr. Pedro González Fernández.
Secretario: Dr. Vidal Barrón López de Torre.
Control de la degradación y recuperación de Suelos
Presidente: Dr. Antonio Rodríguez Rodríguez.
Secretario: Dr. Ramón Bienes Allas.
Conservación de Suelos y Aguas
Presidente: Dr. Ildefonso Plá Sentís.
Secretaria: Dra. Pilar Carral González.
Suelos y Medioambiente
Presidenta: Dra. Rosa Calvo de Anta.
Secretario: Dr. José Álvarez Rogel.
Cambio de uso del Suelo
Presidente: Dr. José Aguilar Ruiz.
Secretario:Dr. Francisco Javier Martínez Garzón.
Enseñanza del Suelo y Seguridad Pública
Presidenta: Dra. Ana Moliner Aramendia.
Secretaria: Dra. Marta Benito Capa.